Chùa Thiên Mụ là một trong những ngôi chùa cổ nhất và nổi tiếng nhất ở vùng đất Huế.
Truyền thuyết kể rằng: Chúa Nguyễn Hoàng trong một lần đi kinh lý về phía Nam, vùng đất ông cai quản, ông đã dừng chân trên một ngọn đồi, thấy cảnh trí đẹp và huyền bí nên đã cho gọi người dân địa phương đến thăm hỏi. Người dân cho biết: Đây là đồi Hà Khê, thuộc làng An Ninh, hằng đêm thường có một bà lão mặc áo đỏ quần lục hiện lên và dạy với dân chúng: “Rồi đây sẽ có một vị chân chúa đến lập chùa để bền long mạch và tụ long khí cho nước Nam hùng mạnh”, vì thế ngọn đồi Hà Khê được người dân nơi đây gọi là Thiên Mụ Sơn.
Sau khi nghe xong câu chuyện, Chúa Nguyễn Hoàng đã nhận mình là vị chân chúa và xem xét địa cuộc của vùng đất. Thấy phía trước là dòng sông Hương thơ mộng núi non chầu về, đằng sau có hồ lớn nhưng có đoạn hào cắt ngang điềm gỡ không lành, dân chúng địa phương lại cho biết truyền thuyết: Có thầy địa lý Cao Biền đời nhà Đường bên Trung Hoa đã từng cưỡi diều sang đây để yểm trừ long mạch, cắt đứt vượng khí, không còn sinh ra người tài cho nước Việt.
Sau đó, Chúa Nguyễn Hoàng đã cho phá yểm, dựng chùa vào năm 1601 để nhớ ơn bà Chúa Trời và đặt tên là Thiên Mụ Tự. Từ đó về sau, các chúa Nguyễn và vua Nguyễn đều xem đây là ngôi Quốc tự, thường xuyên chăm lo tu bổ, tôn tạo và xây thêm nhiều công trình kiến trúc làm cho diện mạo ngoi chùa ngày càng phong phú hơn nhưng vẫn luôn luôn mang đậm nét thiền.
Dưới thời kỳ Chúa Nguyễn Phúc Chu (1691-1725), Chúa giao cho Chưởng cơ Tổng Đức Đại đứng ra trông coi công việc tu bổ chùa và cho dựng thêm nhiều đình viện, nhà cửa, … rồi cho người sang Trung Hoa thỉnh hơn 1000 bộ kinh sách Phật Giáo về lưu giữ ở Lầu Tàng Kinh trong chùa.
Trong thời gian quân Trịnh vào chiếm cứ Phú Xuân (1775-1786), chùa Thiên Mụ bị chiến tranh tàn phá và xuống cấp nghiêm trọng. Bấy giờ có hai ông quan nhà Trịnh (Bùi Huy Bích và Trương Đăng Quỳ) đến vãng cảnh, thấy chùa hoang phế, đã ghi lại tình trạng hư hỏng của chùa trong 02 câu thơ sau:
“Nguyễn gia thất thế bài không tại
Tăng xá thiên gian, ngõa bán linh”
Nghĩa là: Bài vị bảy đời họ Nguyễn còn đây, tăng xá ngàn năm ngói tụt nữa phần
Dưới triều đại nhà Tây Sơn (1786-1801), chùa lại bị binh hỏa tàn phá. Đến thời hai vị vua đầu của triều Nguyễn (Gia Long và Minh Mạng), chùa được trùng tu nhiều lần và trở nên khang trang hơn. Tuy nhiên, một cơn bão lớn vào năm 1904 (thường gọi là bão năm Thìn) đã làm cho nhiều công trình kiến trúc trong chùa bị hư hỏng nặng, trong đó có một số công trình hư hại quá trầm trọng nên phải triệt giải. Đến năm 1957, chùa được trùng tu một lần nữa, thời kỳ này, một số bộ phận kiến trúc như: cột kèo, đòn tay, khám thờ được thay bằng bê tông giả gỗ.
(Trích Tài liệu Tham khảo Thuyết minh các điểm tham quan du lịch Thừa Thiên Huế)